哈贝马斯的后民族结构理论主要针对欧洲一体化提出，因为涉及跨民族管理体制的建构，从而具有浓郁的超国家色彩。该理论被运用于阐释“一国两制”，则需要做出改变:其一，因为“一国两制只涉及如何在同一民族国家下的不同的社会制度、不同的社会发展模式下达成政治共识。在“一国两制下，“一国”已经是一个既定前提，不需要再建构，这与当初欧洲多个民族国家需要达成共识，建立政治实体的状况截然不同。其二，“一国两制”的阐释路径也并非像哈贝马斯理论那样，通过强调民族国家内的公民认同，推而广之建立跨民族国家的公民认同。而是如何通过“跨制度，政治认同和公民认同的建构—实现和维护国家的统一。    

首先，从“后民族结构，出发，我们发现，“一国”不仅是一个民族共同体、文化共同体，同时也是一个政治共同体。强调台港澳的高度自治，意味着，“一国两制不仅着眼于“一国”之下的共同的善，还尊重大陆(内地)和台港澳的特殊性，尊重各自的制度构架。如果采用普遍主义的观点，忽视两岸四地的特殊性，或者一采用特殊主义的观点，过于强调多元主义，都不利于“一国两制”的建构。“一国两制较好地统摄了两岸四地的普遍性和特殊性，为公共的国家认同留下了空间。但这种在一部共同宪法统摄下的“一国”必须要强调一国下的政治共识，即每一个公民踊跃的公民参与与负责任的公民担当。    

在哈贝马斯看来，“所谓包容，就是指政治共同体对所有的公民都保持开放状态，不管他们有怎样的出身”。大陆、台湾和港澳公民在“一国两制”下，在宪法的规定下，权力义务是平等的。在国家内涵发生变化之后，民族内涵也发生转变，这意味着，中华民族这一概念拥有传统民族精神和后土业时代国家公民的双重意蕴。作为政治的共同体，两岸四地真正融合在一起，从而实现人心的回归。在传统的民族结构解释模式下，中华民族被确立为一个以文化、历史和血缘为依据的概念，在后民族结构解释模式下，中华民族概念并不是传统意义上的民族概念，而是公民概念，具有法律内涵。这意味着，港澳台居民作为中国公民与大陆(内地)的公民在公民地位上是一致的，有着相同的权利和义务，彼此之间并不处于实质上的“隔禽，状态。    

其次，与身份认同相关联，公民认同的内涵同样需要被重新考量。按着民族结构解释模式，公民显然与国民概念息息相关，但在后民族结构中，公民概念则不仅具有国民的内涵，还具有多层面的意义。将后民族结构作为一个重要维度引入到对公民认同的解释框架中来，最终也拓展了国民的概念，对它的定义将不再仅仅依赖空间、地域，更基于政治包容与共识。台港澳和大陆(内地)居民由于作为中华人民共和国宪法中的公民享有同样的公民权利，在承认中央的政治主权的前提下，两岸四地尊重各自政治制度、核心价值观。    

再次，对多元主义的包容是后民族结构解释模式的重要特征。当前欧洲在逐步走向统一的过程中，在建构“欧洲火”的身份认同方面，不得不面对这样的问题:如果仅仅将身份认同视为统一的、排他的，一个具有单一内涵的概念，显然它无法适应多元文化的现实。由于历史和现实的原因，两岸四地的文化保留了统一性的同时又具有多元性的特征，如果将“中国火”的身份视作统一的、不包容任何文化差异的概念，显然具有很大的局限性。在后民族结构的视域范围内，“中国火”的身份认同不再仅仅是一个本质主义的概念，而是一个具有后民族结构内涵，包容两岸四地文化和制度差异的动态的概念。  

两岸四地在“一个中国”的主权支配下，公民文化认同存在差异是客观存在的，但这种差异不仅不是建构国家认同的反常因素，而且是政治共识达成必然要面对的状况。因此鼓励和倡导对多元文化的包容是“一国两制的应有之意。故此，“一国两制”如何发挥其“包容性”，优势，将不同政治制度、不同文化、不同地域的公民统摄为统一的国家公民是一个值得探讨的问题。在文化方面，两岸四地各自有着鲜明的群体性特征，这似乎对统一的公共文化构成了挑战。但两岸四地的公民身份归属于一个政治共同体—“中国”，这个“中国”在尊重和保障每个公民的权利的基础上维护不同地域的多元性特征。