小说最大的亮点是其独特的结构。整篇小说共分为14章加尾声，一共70小节，每一小节都有一个提纲挚领的小标题。这些标题之间相互联系，使每一章节的情节与逻辑十分紧密，整个结构完整而紧凑。具体着眼于每一章节，我们会发现，小说有两条非常明显的叙事线索:一条是现实生活中青林等人对历史往事的追溯，一条是母亲丁子桃的回忆，小说借助攀爬层层地狱的形式，展现全家人“软埋”的真相。整个故事在历史与现实中相互交错，逐步递进，也让读者不断解惑，一直被吸引。

《软埋》这部小说以丁子桃的生活为开端，首先展现了丁子桃与丈夫吴家名的生活情况。丁子桃作为一名被救起的女子，被医生吴家名推荐到上司刘政委家做保姆，在刘政委的撮合下，二人最终结婚。丁子桃是一名失忆症患者，对自己的身世及来历无从记起。作者以客观冷静的笔调写到了丁子桃被人救起及与吴家名结婚生子的情况，也为接下来故事的发展埋下了伏笔，引起了读者极大的兴趣。在丈夫吴家名死后，丁子桃便与儿子青林相依为命，过着平淡而又安静的生活。随着青林的长大和工作，他们的生活有了很大的改善。特别是青林遇到了同为武汉人的老板刘小川，在工作上也有了很大的进展，丁子桃也辞去保姆工作，过上了独居清闲的老年生活。在此之后，青林在工作上有了进一步提升，他攒钱买了一所别墅，将母亲接来一起生活。可是，母亲丁子桃搬过去住的第二天就变成了植物人，无法与人沟通，只能沉浸在自己的世界中。从这里开始，小说的两条线索就开始相互交织，相互渗透，营造出一种暗中呼应的神秘感。青林对母亲所表现出的“怪异”言行一直充满好奇，他借助与刘晋源的交往及大学同学龙忠勇的帮助展开了对父母身世及历史的探寻，这是现实中一条明亮的线索;而母亲丁子桃虽然处于深度昏迷中，内心却在对惨痛往事一步步追溯，犹如在地狱世界里的一次游历，这是处于丁子桃潜意识中的一条线索。

从第五章开始，这两条线索就开始了并行交错叙述。其中第五、七、九、十一、十三章是关于丁子桃的结构线索，第六、八、十、十二、十四章是关于青林的结构线索。两条结构线索彼此交叉运行的这一部分，因其对于历史真相的充分揭示而成为整部《软埋》的核心情节[Ci7。这两条线索相互呼应，读者跟随青林的现实追寻不断产生疑惑，又在丁子桃的回忆中逐渐解开疑惑，正是在这不断追寻与解开疑惑的过程中，读者完成了阅读。

另外，在分别对这两条线索进行梳理时，读者会发现，青林这条线索采用的是顺叙的结构，丁子桃这条线索采用的是倒叙的结构，这也是作者精心安排的。青林作为现实中的个人，他拼命工作，就是为了多赚钱来孝敬母亲，包括他买别墅接母亲过来住，和大学同学龙忠勇一起到鄂西调查。他后来展开对父母身世经历的追寻，一方面是为了满足自己的好奇，解开心中的疑惑，另一方面也是想借此来唤醒母亲。作者在叙述青林这条线索时，采用顺叙的结构，没有过多着墨于他的日常生活和工作，而是重点描写他的发展及现实追求。

青林一直就是一个非常现实的人。青林自己想的很透彻:像他这样两手空空闯世界者，不现实又怎么能在这个讲究现实的社会存活下来?正因为他现实了，这才能有今天如此的惬意。

在青林这条线索向前推进的同时，丁子桃对往事的追溯也在倒叙中展开。在丁子桃对悲惨往事的回忆中，作者一直是以胡黛云(丁子桃的原名)的角度进行讲述的。从地狱底端开始，胡黛云从十八层地狱一直向上追忆，对整个家族的惨痛历史进行了一个梳理，从亲手对整个家族的人进行软埋，到最后回忆起因为自己只图一时口舌之快打开了地狱之门。作者采用倒叙的手法，将这悲惨的历史从后往前铺展开来，首先将读者置身于一个巨大的悲凉环境中，然后再一步步地解惑，将历史的真实与细节显示出来。作者在进行倒叙的过程中，始终以丁子桃旁观的视角进行叙述，既表现了个体命运在历史残酷伤害下的真切感受，也有着相对客观冷静的审视和反思。