在公海保护区法律机制之下，成员国往往承担着高于一般海洋环境保护标准的义务，这种义务限制着成员国在现有海洋法秩序下的海洋自由权利。但对非成员国而言，公海保护区的高标准义务是否适用则是有争议的问题。

根据条约的相对效力原则，“条约非经第三国同意，不为该国创设义务”，除非“条约所载规则成为对第三国有拘束力之公认国际法习惯规则”或者第三国以书面形式明示接受，即在公海保护区的相关条约建立的规则在没有成为国际习惯法之前而非成员国不接受公海保护区施加义务的情形下，公海保护区的成员国不能为非成员国创设义务。理论上，非成员国根据条约相对效力的原则，可以继续在公海保护区内行使海洋法上的公海自由权利，即使是过度利用此种权利。如果公海保护区的法律机制不能将非成员国纳入，则将使非成员国的行为不能得到有效的规制，甚至出现违法者得利、守法者受损的矛盾，进而损害公海保护区意欲达到的目标。

国际社会己然认识到，海洋环境保护领域的施行措施应当具有普遍适用性，即使是区域性的保护措施也只有在普遍遵行的基础上才能达到既定的目标。例如，1995年鱼类种群协定规定“1.缔约国应鼓励非本协定缔约方成为本协定缔约方和制定符合本协定各项规定的法律和规章;2.缔约国应采取符合本协定和国际法的措施，防阻悬挂非缔约方国旗的船只从事破坏本协定的有效执行的活动”。公海保护区基于特定的公海水域，非成员国或者基于国际社会共同利益的感召采取自愿遵循，而在相反的情况下则需要突破条约相对效力的原则，允许成员国对非成员国的船舶采取执法措施。但是，成员国对非成员国的执行在实践中往往引起非成员国的抗议，并容易产生争端。鉴于此，为解决公海保护区法律机制与非成员国权利义务之间的关系问题，需要成员国与非成员国之间充分的协商与合作，以在现行国际法平稳的走喘吐下实现海洋法秩序的变革。

现行海洋法公约给各国施加了采取措施合作保护海洋环境的一般义务，并得到生物多样性公约、1995年鱼类种群协定的支持。国际社会采取更加有拘束力的措施保护海洋环境和生物多样性是未来的趋势，非成员国有义务与成员国展开合作，以使海洋环境和生物得到切实有效的保护。具体而言，非成员国一方面在行使海洋自由权利时自我克制，另一方面则是与成员国协商建立成员国对非成员国违法船舶的直接执行机制。极端的情况就是，非成员国对公海保护区的法律机制拒不遵从，成员国仍然坚持对非成员国采取执行措施，通过国家实践的扩展获取国际社会的广泛承认，进而形成国际习惯法规则。公海保护区因其在保护海洋环境和生物多样性的同时满足着国家权力向公海扩展的内在愿望，吸引着广大沿海国、特别是海洋大国的兴趣，如果各海洋大国就对公海保护区法律机制之外非成员国的执行持一致态度并采取一致行动，成员国对非成员国的执行机制很有可能会逐渐得到国际社会的认同而成为国际习惯法，并彻底改变目前公海执法薄弱的局面。

公海保护区作为国际社会实现国际海洋环境整体管理的有效工具，在内在本质上需要打破条约的封闭体制，将在公海保护区内开展的活动纳入统一管理，对不合法的行为进行一致性的执法，此种机制十分有利于国家管辖权在公海的扩张和行使，而且在保护海洋环境的大义下免于违反国际法的职责。权力具有内在扩张的本质，可以预见，国家，特别是海洋大国，在品尝到国家权力在公海扩张的甜头之后，将食髓知味，努力推动公海保护区向更广阔的公海水域扩展，而国际社会也曾提出国类似的目标。随着实践的发展，公海保护区将会逐步在公海的各个水域建立，面积会越来越大，各个公海保护区之间将逐步联络，形成系统性的保护网络。总而言之，将更多的公海水域纳入全球性的公海保护区网络是未来公海保护区发展的趋势，由此，国家利益和国家海洋战略将会随着公海保护区的发展和完善受到更加深刻的影响。